今後の父母の生前対策で、何か良い方法があれば相談したい

単に長女の方だけが不動産の譲渡を受けて、二女の方が同等の不動産を取得できない場合、特別受益として相続時に精算が必要となる可能性があります（民法９０３条）。
会社の株主は実質お父様が１００％でしょうか。お父様とお母様がいずれも亡くなられた後、どなたが事業承継をするのか、株式の帰属も含めて事業方針を決めておかないと、最終的に長女の方と二女の方の持株比率が１：１になってしまい、会社の重要事項が決定できない事態が生じかねません。
仮に、長女の方が会社経営を承継するのであれば、二女の方には相当額の個人財産を分配する必要があります。仮に、「全て長女に相続させる」旨の遺言を残した場合も、遺留分として法定相続分の１／２相当額は分配する必要があります。
会社の株式価値の評価はいくつかの方法がありますが、代表的なものとしては貸借対照表の資産総額から負債総額を控除した純資産額を目安とする方法があります。
本件では、もう少し詳細に検討する必要がありますので、ご両親の他、弁護士や税理士とよく協議を行なって方針を検討した方がよいでしょう。

複数の推定相続人間の一部の方のみに対して贈与をする場合、それが特別受益とみなされ、相続発生時に持ち戻し計算が必要になるのは小川先生が既にご説明したとおりです。

また、会社株式の価値について、事業会社では税金対策からあえて負債を設け、会社価値を低く抑えているところが多く見受けられます。父親の会社もそのような形をとっているのであれば、実際上の価値よりも算定上の株式価値は大幅に低い可能性もあるため、将来的に特別受益が問題となった場合には、不動産現物を譲り受けるよりも有利になる可能性が高いでしょう。

なお、ご相談の中で記載された人間関係があまり明確ではありません。ご相談者様はお名前からすると男性のようですが、ご自身の両親についてのお話でしょうか？それであれば子は長女と二女ではないように思われますし、配偶者の家族についてのお話なのでしょうか？そのあたりの人間関係を整理して有効な対策を講じるためにも、直接弁護士や税理士とご相談されることをお勧めします。