父の生前に公正証書遺言を考えています

推定相続人であるお子さんは、相続時に法定相続分の１／２である遺留分の請求が可能であり、遺言によっても排除することは困難です。
お父様が施設への入居等を予定されている場合には、現在有している財産を施設の費用に充てれば、相続時にはその分減少するものと見込まれます。
次女の方の銀行証書に関し、要するにお父様の財産からの贈与以外に資金源が考え難いという事であれば、特別受益に当たるとして（民法903条）、相続時に遺留分も含め清算済みとする余地はあります。
特定の相続人に多額の生前贈与がなされている場合、推定相続人の同意及び家庭裁判所の許可を得て遺留分を放棄頂くことは可能ですが（民法1043条1項）、もめているということですと同意は期待できないと思われます。