相続財産が約4,000万円なので、相続税の申告はしていないと思われる

お父様が既に亡くなられている以上、不動産については法定相続分に応じた共有扱い、すなわちお母様が１/２、長女の方及び次女の方が１/４ずつになります。
登記簿上の名義はお父様のままであっても、客観的に亡くなられている以上は、各相続人の所有物（共有物）となります。税務署もこの点については調査の上で計算を行なうのではないかと思います。

お父様の名義であっても，遺産分割協議をしていないのであれば法定相続分（お母様２分の１，ご姉妹各４分の１ずつ）で分けられていると判断されます。　　　
また，相続税の申告に際し，建物の価格は不動産評価証明の価格で，土地の価値は路線価図に載っている１㎡あたりの評価を面積で掛けるとだいたいの評価額がでるのでそれで計算をされたかと思いますが，平成２７年以降に発生した相続は相続税の基礎控除額が３０００万円＋相続人の人数×６００万円になってしまったので預金を加えると今回は相続税の申告が必要になると思われます。　　　
お母様と娘さんが同居して家を引き継ぐ場合等，小規模宅地の特例を使えるケースですと，不動産の評価が下がり相続税の納付が必要なくなる可能性がありますが，どちらにしろ相続税の申告手続きは必要になると考えられます。