妻の妹が先日亡くなってしまいました。

引出した預金が妹さんの預金であり、それを葬儀費用や妹さんのお母様からの借入金の返済に充てたという事であれば、息子さんは法定相続人ではない以上、元のご主人に原則として報告する必要はないでしょう。
ご主人の主張を合理的に解釈すれば「妹さんからの相続財産の加算により、母親の収入額にも変化が生じたため、母親が負担すべき養育費を変更すべきである」と解する余地はあります。
しかし、そのように解したとしても、２００万円は妹さんのための費用として引出して使用したものであり、ご相談者様の相続財産には当たらないというべきであり、積極的に報告する必要があるとまでは言えないのではないかと思います。
ただし、ご主人が養育費額変更調停を行なってくる可能性もありますので、後でいらぬ疑いをもたれないようにする必要があるという事であれば、領収証や振込記録等を添付して、最初から説明するという選択肢もありうるかとは思います。