借金を継ぐと会社を継ぐという事なのでしょうか？

お父様の会社への貸付金はあくまで金銭債権としての資産であるのに対し、会社の保有者は、法律上は株式の保有者になりますので、別個の問題です。
そもそも、法定相続分に関しては、法定相続人が配偶者及び子の場合、配偶者が１/２、子については１/２×１/（子の人数）になりますので、法定相続分に応じて相続財産も分割されるのが原則となります。ただし、本件において長男の方が生前に贈与されたビルの資産価値が大きいのであれば、特別受益として相続財産に算入して計算する余地はあります（民法903条）。
そして、本件において、8,000万円の金銭債権を遺産分割協議により田島様が取得した場合、会社の株式の価値が小さい場合には、単純計算であれば、田島様の取得財産は大きくなるように見えます。
ただ、相続税法では基礎控除額を3000万円＋600万円×法定相続人数としており、田島様が8,000万円の金銭債権を取得した場合、現実の回収には時間を要する一方、相続税額が大きくなるとともに延滞税も発生するリスクがあります。
以上踏まえました上、会社の株式価値に関しても税理士の方にきちんと計算頂いた上、田島様のご負担が大きくならないよう、法定相続分を踏まえた公平な遺産分割方法をご検討頂いた方がよいかと思います。

８０００万円を相続しても、株式を相続しない限り、会社を継ぐことにはなりません。ただし、会社の業績がよくないと、株式価値も低いものとなりますが、貸し付けも、回収可能性に応じて、時価評価をする必要があります。株式の評価は財務諸表をみればおおむね見当がつきますが、貸し付けの評価は難しく、実際には、話し合いとなるでしょう（１ヶ月３５万円の返済なら、５年分２１００万円くらいが目安でしょう）。ただ、これらは、相続税申告のための評価とは、必ずしも一致しません。
この相続で重要なのは、長男が生前贈与されたビルの処理でしょう。これは、特別受益として遺産の中に取り込んだ上で、遺産分割の協議をすることにすべきでしょう。となれば、話し合いにはいる前に、不動産の時価を調査することが重要です（最低限、近所の不動産屋に聴いてみることです）。

長男はビルなどを生前に贈与されているようなことを言っているが、8,000万円を相続すると会社を継ぐこととなるのでしょうか？

あなたが同意すればそうです。生前贈与については確認が必要ですし、仮に実際にされていても特別受益などの考えから、修正を求めることが出来る可能性はあります。

また、この状況は腑に落ちない部分もあるのですが、どうしたら良いでしょうか？

弁護士に直接の相談をされるほうがよいように思います。