協議成立後の遺留分の請求に関して

遺産分割協議が終わって、協議書も取り交わしました。
その内容で、不動産登記手続きも完了しています。
遺産は数字で換算すると、全体６０００万ちょっとぐらいです。
自筆の遺言書があり、内容は３人で等分すると言うような内容であったが、下記の内容に納得して相続する人間で協議を取り交わしました。
完了した協議内容は、長男（私）が４０００万円、長女と二女は、１０００万円ずつです。
しかし、妹から遺留分に足りていないので、不服だと言い出しはじめました。
遺産分割協議書も完成しているのに、今さら遺留分を支払わないといけないのでしょうか？