相続の対象でしょうか？

再婚された場合であっても、お子さんとして法定相続人であることに変わりはないので、遺言がなければ、１／２をお子さんの頭数で割った法定相続分の請求は可能でしょう。
不動産について会社名義の場合には、会社の資産として株式価値の算定において考慮することになると思います。
会社についてお父様が１００％株主（名称として有限会社が残っていても、会社法上は株式会社の扱いになります）であれば、会社の総資産額から負債総額を控除した純資産額が目安となりますが、詳細は税理士の方にご相談いただいた方がよいでしょう。
なお、ご親族の方が経営を補助していた場合、寄与分が問題となりますが、詳細に関しては弁護士との面談相談を検討頂いた方がよいでしょう。