相続不動産の分割について

分割方法については、相続人全員が合意すれば、法定相続分と異なる分割も可能です。ただし、相続人のいずれかが納得しない場合、代償金の支払が必要となりますので、預貯金他の財産で調整する必要があります。
叔母様との境界は、別途叔母様との境界確定手続きが必要となります。
お父様が健在なうちに確定しておいた方がよいと思いますが、法務局の筆界特定手続を利用する方法が考えられます。

土地をそれぞれ分割して、自宅部分、賃貸アパート部分、駐車場部分と分けて、自宅部分を母が、賃貸アパート部分を長男が、駐車場部分を長女（私）が相続したいと考えていますが、法定相続分どおりにならないのは問題になりますか？

いいえ。
ただ、その場合は合意できればそれでよいですが、不動産価値などから、不利益を受ける人が通常は反対します。
そしてその不利益を穴埋めするのに、他の遺産で調整したり、自分の手持ちのお金から代償金を出したりして話をつけます。