父は、会社を経営しており、他界後は連れ子が引き継いだ。

お姉様＝連れ子の方なのか、別途実子のご兄弟がいらっしゃるのか不明確ですが、通常は登記簿上の名義人が所有者と推定されますので、お母様への所有権移転登記手続きを行なうためには、原則として、現名義人の方の同意が必要となります。
当該不動産がお姉様名義となっている経緯にもよりますが、お姉さま名義とする実体がなく、実際はお母様の所有物であるものをお姉様名義にしているだけということであれば、理論上は通謀虚偽表示としてお母様への所有権移転登記手続を求める余地がないとは言えません。ただ実際には、通謀虚偽表示であることを立証する必要があるとともに、請求者はあくまでお母様であってお母様が主体的に行う必要があるので、なかなかハードルは高いのではないかと思います。
もし、お姉様が連れ子の方とは別のお母様の実子として推定相続人であるならば、お母様からの相続時に特別受益として精算を行なう余地はあるかと思います。連れ子の方でお母様の推定相続人でないということですと、上記のように実体のない登記であればともかく、お父様の遺産分割内容に含まれる等何らかの根拠があるのであれば、まずその根拠に対する反論を用意した上で、お姉様と話し合いを行なう必要があるのではないかと思います。