遺言書を作成しようと思っているが、その内縁配偶者を除外する方法はあるのか？

「相続権の発生」は婚姻と内縁の最大の違いであり、内縁の配偶者には相続権はないとともに、子の内縁の配偶者についても、仮に叔父様のお子様が叔父様より先に死去し、そのときは叔父様が病気等で遺言の書き直しができない場合でも、子の内縁の配偶者に子の代襲相続権は認められません。
過去に相続法の改正がなされた際も、国会において「内縁の相手方に相続権を認めることは婚姻制度の崩壊につながりかねない」として根強い反対なされた経緯があります。
問題となるとすれば、叔父様がお子様及びその内縁の配偶者と同居していた場合の自宅の使用借権についてですが、お子様が自宅所有権の全部ないし一部を取得する場合、お子様の同意の下自宅に同居することは妨げられません。
それでも心配であれば、子の内縁の配偶者をＡとすると、遺言書に「Ａには一切の権利取得を認めない」と記載しておけばよいでしょう。